น้ำ และการปรับภูมิประเทศ
ฟิสิกส์ของน้ำคือระบบที่ลึกที่สุดในเกม นี่คือตัวเลขทั้งหมด
ของเหลวห้าชนิด
น้ำจืดให้ความชุ่มชื้นและเป็นชนิดเดียวที่มีระลอกคลื่นประกายเกิดขึ้น ส่วนน้ำทะเล น้ำโคลน และน้ำพุร้อนจะไม่มีระลอกคลื่น โดยน้ำโคลนยังไม่ให้ความชุ่มชื้นด้วย ลาวาไม่ให้ความชุ่มชื้น ทำให้ดิตโต้บาดเจ็บเมื่อสัมผัส และจะกลายเป็น Black Rock เมื่อโดน Water Gun ของเหลวแต่ละชนิดผลิตได้จากเครื่องดื่มในตู้กดที่ตรงกัน
หลังทำคำขอของพิพลัพร่วมกับวูปเปอร์ร่างพัลเดียที่ Bleak Beach เสร็จ คุณจะวางและดูดของเหลวได้อิสระ กด Y ค้างเพื่อดูดเข้า ZR เพื่อปล่อยออก และ ZL เพื่อปรับระดับน้ำ
น้ำแผ่ตัวอย่างไร
บนพื้นราบที่ไม่มีขอบตกใกล้ ๆ น้ำจะแผ่เป็นแอ่งวงกลมออกไปราว 6 ช่อง ถ้าบังคับให้ไหลในร่องจะไปได้ราว 25 บล็อก ส่วนลาวาไปได้ราว 12 บล็อกและเคลื่อนที่ช้ากว่ามาก น้ำยังลอดช่องแนวทแยงได้ จึงถือว่าไหลได้ครบทั้ง 8 ทิศ
ขอบตกเปลี่ยนทุกอย่าง ถ้าวางแหล่งน้ำในระยะ 4 ช่องจากหน้าผาหรือขอบตกใด ๆ น้ำจะหยุดแผ่และพุ่งตรงไปที่ขอบเป็นเส้นตรงกว้างสองช่อง ถ้ามีขอบตกหลายจุดที่ระยะเท่ากัน น้ำจะไปทุกจุดพร้อมกัน ส่วนลาวาทำงานต่างออกไป มันจะมุ่งไปที่ขอบตกแต่เริ่มแผ่ตัวอีกครั้งตั้งแต่ช่องที่สอง ดังนั้นในพื้นที่ขรุขระ ลาวาจะครอบคลุมพื้นที่มากกว่าน้ำ ทั้งที่ไปได้ระยะสั้นกว่า
แหล่งน้ำและระดับน้ำ
แหล่งน้ำหลักคือจุดที่น้ำเริ่มต้น ถ้าเอาออก น้ำที่ไหลต่อจากนั้นจะหายไปทั้งหมด ส่วนจุดที่น้ำตกกระทบพื้นจะกลายเป็นแหล่งน้ำรอง ซึ่งทำงานเหมือนแหล่งน้ำหลักทุกอย่าง ต่างกันแค่ว่าถ้าเอาออก การไหลจะไม่หายไปถาวร
กด ZL ค้างเพื่อสลับไประดับน้ำต่ำ แอ่งจะหดเหลือกว้างราว 7 ช่อง (ลาวา 5 ช่อง) ระยะในร่องลดเหลือ 12 บล็อก (ลาวา 6 บล็อก) และข้อดีคือน้ำระดับต่ำจะไม่พุ่งเข้าหาหน้าผา แต่จะแผ่เป็นวงกลมเสมอ ซึ่งควบคุมง่ายกว่ามาก