เนื้อเรื่อง

ก่อนเหตุการณ์ในเกมจะเริ่มต้น ภัยธรรมชาติที่เกิดขึ้นต่อเนื่องผลักโลกเข้าสู่ภาวะขาดแคลนอาหารทั่วโลก มนุษย์จึงอพยพขึ้นสู่อวกาศ ส่วนโปเกมอนที่ถูกทิ้งไว้ถูกผนึกเก็บไว้ในกล่อง PC ที่ดัดแปลงเป็นพิเศษ เพื่อให้รอดชีวิตตลอดช่วงเวลาที่ต้องรอ

คุณตื่นขึ้นมาในร่างดิตโต้ที่ Withered Wastelands ซึ่งก็คือซากของเมือง Fuchsia City ศาสตราจารย์ทังโกรว์ธ โปเกมอนตัวสุดท้ายที่ยังตื่นอยู่ในพื้นที่ อธิบายกฎที่เป็นหัวใจของทั้งเกม นั่นคือเมื่อที่อยู่อาศัยถูกฟื้นฟูจนได้มาตรฐาน ระบบจัดเก็บจะปล่อยโปเกมอนที่ควรอยู่ตรงนั้นออกมาเอง ฟื้นฟูผืนดินให้ดี แล้วชีวิตจะกลับมาเอง

จากนั้นเนื้อเรื่องจะดำเนินไปทีละพื้นที่ ตั้งแต่การจุดไฟให้ชายหาดที่ไม่เคยเห็นแสงอาทิตย์ จัดปาร์ตี้ที่ดังพอจะปลุกเมืองบนภูเขา บูรณะตึกระฟ้าบนหมู่เกาะลอยฟ้า และเมื่อมี Expansion Pass ก็จะได้ดำน้ำลงไปยัง Cerulean City ที่จมอยู่ใต้ทะเล ระหว่างทางจะพบ Human Records ทั้งบันทึก หนังสือพิมพ์ และไดอารีที่มนุษย์ผู้อพยพทิ้งไว้ ซึ่งจะค่อย ๆ เผยว่าเกิดอะไรขึ้นกันแน่